BioStream

BioStream es una aplicación para el análisis y gestión de secuencias biológicas, desarrollada con Django (API REST) para el backend y Streamlit para el frontend. Permite almacenar, editar y analizar secuencias de ADN, ARN y proteínas, integrando funcionalidades básicas como reverso complementario y traducción.

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Características principales

• Gestión de secuencias biológicas (crear, listar, editar, eliminar).
• Funciones bioinformáticas básicas con Biopython (reverso complementario, traducción).
• API REST construida con Django REST Framework.
• Interfaz web interactiva con Streamlit que consume la API.
• Arquitectura modular y contenerizada para facilitar desarrollo y despliegue.

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Requisitos

• Python 3.9 o superior
• Django
• Django REST Framework
• Biopython
• Streamlit
• Requests (para consumo de API desde Streamlit)

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Instalación y configuración

1. Clonar el repositorio:

git clone https://github.com/tu_usuario/BioStream.git
cd BioStream

1. Crear y activar entorno virtual:

python -m venv env
source env/bin/activate # Linux/Mac

o

env\Scripts\activate # Windows

1. Instalar dependencias backend:

pip install -r backend/requirements.txt

1. Ejecutar migraciones:

cd backend
python manage.py makemigrations
python manage.py migrate

1. (Opcional) Crear superusuario para panel admin:

python manage.py createsuperuser

1. Ejecutar servidor Django:

python manage.py runserver

1. En otra terminal, instalar dependencias frontend y ejecutar Streamlit:

cd frontend
pip install -r requirements.txt
streamlit run app.py

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Uso

• Accede a la API en http://localhost:8000/api/secuencias/ para gestionar secuencias vía REST.
• Usa la interfaz Streamlit en http://localhost:8501 para interactuar de forma visual e intuitiva.
• Desde Streamlit puedes crear nuevas secuencias, ver las existentes y ejecutar análisis básicos.

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Estructura del proyecto

BioStream/
│
├── backend/ # Proyecto Django (API)
│ ├── manage.py
│ ├── api/ # App principal con modelos, vistas y serializers
│ ├── backend/ # Configuración Django
│ └── requirements.txt
│
├── frontend/ # Proyecto Streamlit (frontend)
│ ├── app.py
│ ├── requirements.txt
│ └── ...
│
├── README.md
└── ...

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Próximas mejoras

• Implementar importación y exportación de archivos FASTA.
• Añadir alineamiento múltiple con integración de Clustal Omega o MUSCLE.
• Incorporar búsquedas BLAST y visualización avanzada.
• Contenerización con Docker y despliegue en la nube.
• Tests unitarios y funcionales para backend y frontend.

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Contacto

Para dudas, sugerencias o contribuciones, puedes contactarme en:

• Email: eliasyosoto@gmail.com
• GitHub: https://github.com/sonoAESS

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¡Gracias por usar BioStream!